El CENIDET se creó en enero de 1987, en el marco de una alianza estratégica con el Instituto de Investigaciones Eléctricas (IIE), con el fin de ser un centro de excelencia del Sistema Nacional de Institutos Tecnológicos.
En mayo de 1987 inició cursos la primera generación del programa de Maestría en Ciencias en Ingeniería Electrónica. A inicios de 1988 arrancó la Maestría en Ciencias de la Computación, y al final del mismo, la Maestría en Ciencias en Ingeniería Mecánica. En 1995 inicia el Doctorado en Ciencias en Ingeniería Electrónica.